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Erreur fitsio lors de la lecture des données

turboIII

Par turboIII
dans Aide SIRIL

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turboIII

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je débute sur Siril

après avoir installé Siril 1.0.6 et la version 1.2.0 beta 2 en mode AppImage , j'utilise le jeu de data fourni par Colmic pour m'entrainer....

 

après avoir ventilé les data dans les dossiers lights, biases, darks et flats j'ai lancé le script OSC_Preprocessing.ssf

avec la beta 2 j'obtiens ceci 

22:36:34: Début du script /usr/share/siril/scripts/OSC_Preprocessing.ssf
22:36:34: ############################################
22:36:34: #
22:36:34: # Script for Siril 1.0
22:36:34: # July 2020
22:36:34: # (C) Cyril Richard
22:36:34: # Preprocessing v1.0
22:36:34: #
22:36:34: ########### PREPROCESSING SCRIPT ###########
22:36:34: #
22:36:34: # Script for color camera preprocessing
22:36:34: #
22:36:34: # Needs 4 sets of RAW images in the working
22:36:34: # directory, within 4 directories:
22:36:34: #   biases/
22:36:34: #   flats/
22:36:34: #   darks/
22:36:34: #   lights/
22:36:34: #
22:36:34: ############################################
22:36:34: Exécution de la commande : requires
22:36:34: # Convert Bias Frames to .fit files
22:36:34: Exécution de la commande : cd
22:36:34: Définir le répertoire de travail à '/home/francis/Documents/astronomie/siril/DATA/biases'
22:36:34: Exécution de la commande : convert
22:36:34: Conversion : traitement de 15 fichiers ...
22:36:34: La conversion a réussi, 15 fichier(s) créé(s) pour 15 fichier(s) d'entrée (15 image(s) convertie(s), 0 échec)
22:36:34: Exécution de la commande : cd
22:36:34: Définir le répertoire de travail à '/home/francis/Documents/astronomie/siril/DATA/process'
22:36:34: # Stack Bias Frames to bias_stacked.fit
22:36:34: Exécution de la commande : stack
22:36:34: Vérification des séquences dans le répertoire : /home/francis/Documents/astronomie/siril/DATA/process.
22:36:34: Empile la séquence bias_
22:36:34: Traitement de toutes les images de la séquence (15)
22:36:34: Le résultat de l'empilement sera stocké au format 32 bits
22:36:34: Aucun canal d'alignement passée, ignore les données d'alignement !
22:36:34: Utilisation de 15109 Mo maximum pour l'empilement
22:36:34: Nous avons 4 blocs parallèles de taille 1044 (+0) pour l'empilement.
22:36:34: Débute l'empilement...
22:36:34: Erreur pendant la lecture d'une zone de l'image
22:36:34: Échec de l'empilement.
22:36:34: Empilement en échec. Vérifier les log pour corriger le problème.
22:36:34: Temps d'exécution: 272.12 ms
22:36:34: Définir le répertoire de travail à '/home/francis/Documents/astronomie/siril/DATA'
22:36:34: L'exécution du script a échoué.

les bias ne sont donc pas empilés

 

un autre test avec la version Siril-1.0.6 me donne ceci

  

22:41:05: Début du script /usr/share/siril/scripts/OSC_Preprocessing.ssf
22:41:05: ############################################
22:41:05: #
22:41:05: # Script for Siril 1.0
22:41:05: # July 2020
22:41:05: # (C) Cyril Richard
22:41:05: # Preprocessing v1.0
22:41:05: #
22:41:05: ########### PREPROCESSING SCRIPT ###########
22:41:05: #
22:41:05: # Script for color camera preprocessing
22:41:05: #
22:41:05: # Needs 4 sets of RAW images in the working
22:41:05: # directory, within 4 directories:
22:41:05: #   biases/
22:41:05: #   flats/
22:41:05: #   darks/
22:41:05: #   lights/
22:41:05: #
22:41:05: ############################################
22:41:05: Exécution de la commande : requires
22:41:05: # Convert Bias Frames to .fit files
22:41:05: Exécution de la commande : cd
22:41:05: Définir le répertoire de travail à '/home/francis/Documents/astronomie/siril/DATA/biases'
22:41:05: Exécution de la commande : convert
22:41:05: Conversion : traitement de 15 fichiers ...
22:41:05: La conversion a réussi, 15 fichier(s) créé(s) pour 15 fichier(s) d'entrée (15 image(s) convertie(s), 0 échec)
22:41:05: Exécution de la commande : cd
22:41:05: Définir le répertoire de travail à '/home/francis/Documents/astronomie/siril/DATA/process'
22:41:05: # Stack Bias Frames to bias_stacked.fit
22:41:05: Exécution de la commande : stack
22:41:05: Empile la séquence bias_
22:41:05: Traitement de toutes les images de la séquence (15)
22:41:05: Le résultat de l'empilement sera stocké au format 32 bits
22:41:05: Utilisation de 15715 Mo maximum pour l'empilement
22:41:05: Nous avons 4 blocs parallèles de taille 1044 (+0) pour l'empilement.
22:41:05: Débute l'empilement...
22:41:05: Erreur pendant la lecture d'une zone de l'image
22:41:26: Rejet des pixels dans le canal #0 : 8.542% - 4.505%
22:41:26: Empilement avec rejet fini. 15 images ont été empilées.
22:41:26: Intégration de 15 images :
22:41:26: Combinaison ............... moyenne
22:41:26: Normalisation ............. aucune
22:41:26: Rejet des pixels .......... Winsorized Sigma Clipping
22:41:26: Paramètres de rejet ....... bas=3.000 haut=3.000
22:41:26: Sauvegarde du fichier FITS : bias_stacked.fit, 1 canal(aux), 6248x4176 pixels
22:41:26: Estimation du bruit (canal : #0) : 1295.270 (1.976e-02)
22:41:26: Séquence empilée avec succès.
22:41:26: Temps d'exécution: 21.26 s.
22:41:26: Exécution de la commande : cd
22:41:26: Définir le répertoire de travail à '/home/francis/Documents/astronomie/siril/DATA'
22:41:26: # Convert Flat Frames to .fit files
22:41:26: Exécution de la commande : cd
22:41:26: Définir le répertoire de travail à '/home/francis/Documents/astronomie/siril/DATA/flats'
22:41:26: Exécution de la commande : convert
22:41:26: Conversion : traitement de 15 fichiers ...
22:41:26: La conversion a réussi, 15 fichier(s) créé(s) pour 15 fichier(s) d'entrée (15 image(s) convertie(s), 0 échec)
22:41:26: Exécution de la commande : cd
22:41:26: Définir le répertoire de travail à '/home/francis/Documents/astronomie/siril/DATA/process'
22:41:26: # Pre-process Flat Frames
22:41:26: Exécution de la commande : preprocess
22:41:26: Lecture du fichier FITS : bias_stacked, 1 canal(aux), 6248x4176 pixels
22:41:26: Prétraitement...
22:41:26: Pré-traitement : avec la mémoire actuelle et les limites de threads, jusqu'à 4 thread (s) peuvent être utilisés
22:41:26: Pré-traitement : en cours...
22:41:26: Erreur fitsio lors de la lecture des données, fichier : flat_00005.fit.
22:41:26: Erreur dans le fichier FITS : Error reading data buffer from file:
22:41:26: Erreur dans le fichier FITS : bias_00001.fit
22:41:26: Erreur dans le fichier FITS : Error reading elements 1 thru 6248 from image (ffgclui).
22:41:26: Erreur dans le fichier FITS : Error reading data buffer from file:
22:41:26: Erreur dans le fichier FITS : bias_00002.fit
22:41:26: Erreur dans le fichier FITS : Error reading elements 1 thru 6248 from image (ffgclui).
22:41:26: Erreur dans le fichier FITS : Error reading data buffer from file:
22:41:26: Erreur dans le fichier FITS : bias_00015.fit
22:41:26: Erreur dans le fichier FITS : Error reading elements 1 thru 6248 from image (ffgclui).
22:41:26: Erreur dans le fichier FITS : Error reading data buffer from file:
22:41:26: Erreur dans le fichier FITS : bias_00015.fit
22:41:26: Erreur dans le fichier FITS : Error reading elements 1 thru 6248 from image (ffgclui).
22:41:26: Erreur dans le fichier FITS : Error reading data buffer from file:
22:41:26: Erreur dans le fichier FITS : flat_00005.fit
22:41:26: Erreur dans le fichier FITS : Error reading elements 9878401 thru 9892800 from image (ffgcle).
22:41:26: Erreur dans le fichier FITS : Error reading data buffer from file:
22:41:26: Erreur dans le fichier FITS : flat_00001.fit
22:41:26: Erreur dans le fichier FITS : Error reading elements 26049601 thru 26064000 from image (ffgcle).
22:41:26: Impossible de charger l'image 4 de la séquence flat_
22:41:26: Erreur fitsio lors de la lecture des données, fichier : flat_00001.fit.
22:41:26: Impossible de charger l'image 0 de la séquence flat_
22:41:26: Erreur fitsio lors de la lecture des données, fichier : flat_00010.fit.
22:41:26: Erreur dans le fichier FITS : Error reading data buffer from file:
22:41:26: Erreur dans le fichier FITS : flat_00008.fit
22:41:26: Erreur dans le fichier FITS : Error reading elements 22161601 thru 22176000 from image (ffgcle).
22:41:26: Erreur dans le fichier FITS : Error reading data buffer from file:
22:41:26: Erreur dans le fichier FITS : flat_00010.fit
22:41:26: Erreur dans le fichier FITS : Error reading elements 26078401 thru 26091648 from image (ffgcle).
22:41:26: Impossible de charger l'image 9 de la séquence flat_
22:41:26: Erreur fitsio lors de la lecture des données, fichier : flat_00008.fit.
22:41:26: Impossible de charger l'image 7 de la séquence flat_
22:41:26: Le traitement de la séquence a échoué.
22:41:26: Définir le répertoire de travail à '/home/francis/Documents/astronomie/siril/DATA'
22:41:26: L'exécution du script a échoué.

Cette fois ci les bias sont stackés mais j'ai un échec sur les flat. d'après le topo produit sur la console la misère commence avec Erreur fitsio.

 

Ce qui est surprenant c'est qu'avec la version beta 2  les bias ne sont pas stackés. Il doit y avoir quelques choses à faire.

Avez-vous une idée pour m'aider dans mes premiers pas d'abord avec Siril 1.0.6

pourtant j'ai tout bien rangé les bias  dans biases, les flats dans flat, les brutes dans lights et les dark dans dark

 

edit: j'ai oublié de préciser que je suis sous ubuntu 18.04 LTS. et vu qu'il semble y avoir un pb avec la 22.04 LTS je ne suis pas pret à passer à la dernière version LTS (vu qu'il y aurait un pb avec Wayland ou orgx je ne sais plus)

Modifié par turboIII
lock042

lock042

Posté
Posté
Il y a 2 heures, turboIII a dit :

edit: j'ai oublié de préciser que je suis sous ubuntu 18.04 LTS. et vu qu'il semble y avoir un pb avec la 22.04 LTS je ne suis pas pret à passer à la dernière version LTS (vu qu'il y aurait un pb avec Wayland ou orgx je ne sais plus)

Bonjour, je ne vois pas pourquoi il y'aurait un problème avec Ubuntu 22.04.

 

Ici il semble y avoir un problème CFITSIO. Cela veut dire que des fichiers ne sont pas lisibles. Il faut regarder chaque image une par une pour voir d'ou vient le probleme.

turboIII

turboIII

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Il y a 9 heures, lock042 a dit :

Ici il semble y avoir un problème CFITSIO. Cela veut dire que des fichiers ne sont pas lisibles. Il faut regarder chaque image une par une pour voir d'ou vient le probleme.

OK je vais regarder ces fichiers pour comprendre. Là où je m'interroge c'est que ces fichiers viennent du dossier de data mises à disposition par @colmic dans son tuto. L'explication plausible d'un téléchargement qui a foiré....☢️🙄.... A suivre 👍

turboIII

turboIII

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  • Auteur
Posté
Le 02/04/2023 à 11:39, lock042 a dit :

Bonjour, je ne vois pas pourquoi il y'aurait un problème avec Ubuntu 22.04.

 

je ne sais pas moi non plus, mais voici ce qui a été dit ici. Bêtement je m'interroge aussi. Qui a essayé les nouvelles version de Siril sur Ubuntu 22.04?

En revanche pour le problème que j'ai signalé plus haut....

 

Le 02/04/2023 à 08:55, turboIII a dit :

après avoir installé Siril 1.0.6 et la version 1.2.0 beta 2 en mode AppImage , j'utilise le jeu de data fourni par Colmic pour m'entrainer....

...j'ai rechargé le fichier des flats et relancé le script et oh miracle cela a fonctionné. Donc l'erreur venait bien d'une erreur de téléchargement.

Du coup je suis très content d'avoir progressé un peu. Le script OSC_preprocessing c'est terminé en un peu plus de 3 mn.

je vais continuer le lire les tutos.

Le même test avec la version 1.2.0 beta 2 et je suis en échec avec le script OSC_preprocessing

Pour le coup j'ai à apprendre/ comprendre pourquoi les mêmes data font que cela fonctionne avec une version et pas une autre.

  

########### PREPROCESSING SCRIPT ###########
19:08:50: #
19:08:50: # Script for color camera preprocessing
19:08:50: #
19:08:50: # Needs 4 sets of RAW images in the working
19:08:50: # directory, within 4 directories:
19:08:50: #   biases/
19:08:50: #   flats/
19:08:50: #   darks/
19:08:50: #   lights/
19:08:50: #
19:08:50: ############################################
19:08:50: Exécution de la commande : requires
19:08:50: # Convert Bias Frames to .fit files
19:08:50: Exécution de la commande : cd
19:08:50: Définir le répertoire de travail à '/home/francis/Documents/siril/DATA/biases'
19:08:50: Exécution de la commande : convert
19:08:50: Conversion : traitement de 15 fichiers ...
19:08:50: La conversion a réussi, 15 fichier(s) créé(s) pour 15 fichier(s) d'entrée (15 image(s) convertie(s), 0 échec)
19:08:50: Exécution de la commande : cd
19:08:50: Définir le répertoire de travail à '/home/francis/Documents/siril/DATA/process'
19:08:50: # Stack Bias Frames to bias_stacked.fit
19:08:50: Exécution de la commande : stack
19:08:50: Vérification des séquences dans le répertoire : /home/francis/Documents/siril/DATA/process.
19:08:50: Empile la séquence bias_
19:08:50: Traitement de toutes les images de la séquence (15)
19:08:50: Le résultat de l'empilement sera stocké au format 32 bits
19:08:50: Aucun canal d'alignement passée, ignore les données d'alignement !
19:08:50: Utilisation de 17701 Mo maximum pour l'empilement
19:08:50: Nous avons 4 blocs parallèles de taille 1044 (+0) pour l'empilement.
19:08:50: Débute l'empilement...
19:08:50: Erreur pendant la lecture d'une zone de l'image
19:08:50: Échec de l'empilement.
19:08:50: Empilement en échec. Vérifier les log pour corriger le problème.
19:08:50: Temps d'exécution: 525.89 ms
19:08:50: Définir le répertoire de travail à '/home/francis/Documents/siril/DATA'
19:08:50: L'exécution du script a échoué.

 

ce qui n'est pas  ici Erreur pendant la lecture d'une zone de l'image alors que l'autre version avait digéré cette anomalie!!

lock042

lock042

Posté
Posté

Il faut aller lire la note de version de la 1.2.0.

Les scripts français ne sont plus fournis il faut donc changer les noms de dossier.

turboIII

turboIII

Posté
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Posté

Merci mais j'ai déjà mis les noms anglais biaises, light, dark.... Etc

 

Du coup je me rend compte que j'ai fait n'importe quoi....

Il faudrait que je puisse récupérer les anciens scripts et faire des dossiers séparés

Ce que je n'ai pas fait

turboIII

turboIII

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Posté (modifié)

Bon au final après avoir téléchargé à nouveau les fichiers dans des conditions correctes j'ai réalisé de nouveaux essais et bingo ça fonctionne.

j'obtiens une image propre en sortie de pré traitement avec Siril 106 et Siril 120béta2

 

Fin de ce problème. Je me doutais bien que cela venait des fichiers téléchargés dans des conditions très mauvaises. La série des biais n'avait pas la même taille.

Modifié par turboIII
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