Alors ce que je te conseille c'est de faire un retrait gradient de niveau 1 sur toutes les brutes (séquence prévue à cette effet en cochant "appliquer à la séquence").
Sur ta séquence "pp", donc après la calibration et avant l'alignement, tu fais un retrait de gradient sur l'image chargée avec les paramètres : polynomial degré 1, echantilons 20, tolérance 1
ET en cochant "appliquer à la séquence".
Tu vas te retouver du coup avec une nouvelle séquence bkg_pp_xxxxxxx
Puis tu fais le reste (alignement + empilement).
Ainsi, tu vas déjà te retrouver avec un stack plus propre et plus facile à traiter sur le gradient sans pour autant abîmer l'image...
Avec Sirilic, moi j'ai tout paramétré comme modèle et je duplique pour chaque nouvelle cible